Theo Hội Bảo vệ thiên nhiên môi trường tỉnh Kiên Giang, trong chương trình quan trắc tài nguyên và môi trường Khu Bảo tồn biển Phú Quốc của Viện Hải dương học Nha Trang, hiện nay diện tích san hô khu vực này bị tẩy trắng trung bình 56,6% (hiện tượng san hô chết).
Nguyên nhân do sự gia tăng nhiệt độ nước biển bất thường, trong đó khu vực phía tây Hòn Thơm và Gành Dầu tỷ lệ tẩy trắng cao nhất, khoảng 90%. Vùng lõi bảo tồn biển gồm Hòn Vông, Gầm Ghì, hòn Xưởng và hòn Móng Tay, san hô bị tẩy trắng tỷ lệ 20 - 40% diện tích.
Ngoài ra, hiện tượng suy giảm diện tích các rạn san hô còn do hoạt động khai thác mang tính hủy diệt của con người như sử dụng hóa chất, khai thác san hô sống, rác thải, neo đậu tàu thuyền…
Cụ thể là trong 3 năm qua, các ngành chức năng tỉnh Kiên Giang đã phát hiện, xử lý tịch thu hơn 2 tấn san hô, trong đó có nhiều loại quý hiếm. Tình trạng khai thác trái phép, xâm hại nghiêm trọng rạn san hô tiếp tục diễn biến phức tạp, chưa được ngăn chặn triệt để.
Ban Quản lý Khu Bảo tồn biển Phú Quốc triển khai một số giải pháp cấp bách bảo vệ san hô như tăng cường công tác tuyên truyền, nâng cao nhận thức của người dân và cộng đồng xã hội; đẩy mạnh công tác tuần tra, kiểm soát, bảo vệ nghiêm ngặt khu Bảo tồn biển Phú Quốc; nghiên cứu, đánh giá sự suy giảm và tiến hành một số biện pháp chuyên môn khoa học phục hồi rạn san hô khu vực bị tẩy trắng; thực hiện chương trình quan trắc môi trường chất lượng nước và tài nguyên các hệ sinh thái biển…
Khu Bảo tồn biển Phú Quốc diện tích mặt nước hơn 26.800 ha, trong đó vùng bảo vệ nghiêm ngặt gần 3.000 ha, vùng phục hồi sinh thái rộng 13.592 ha và vùng phát triển 10.317 ha.
Khu Bảo tồn biển Phú Quốc nằm ở khu vực phía đông bắc, đông nam và khu phía nam quần đảo An Thới thuộc huyện Phú Quốc. Trong đó, vùng bảo tồn cỏ biển diện tích 6.825 ha thuộc 2 xã Hàm Ninh và Bãi Thơm; vùng bảo tồn san hô 9.740 ha nằm quanh các hòn của quần đảo An Thới thuộc xã Hòn Thơm.
Cùng với thảm cỏ biển, các rạn san hô được xem như “rừng dưới biển”, có tiềm năng phát triển du lịch biển. Đây là nơi sinh sống phát triển các nhóm, loài thuỷ sinh vật khác nhau.
Qua điều tra và nghiên cứu vùng biển Phú Quốc đã xác định được 108 loài san hô thuộc cả hai nhóm san hô cứng và san hô mềm, 135 loài cá rạn san hô, 3 loài cá di cư, 132 loài thân mềm lớn sinh sống trong rạn san hô, 9 loài giáp xác, 32 loài da gai và 6 loài thú biển sinh sống và kiếm ăn.
Đặc biệt là loài bò biển (Dugong) quý hiếm trong danh mục các loài có nguy cơ tiệt chủng cần được bảo vệ nghiêm ngặt.