Microsoft cho biết Commerce Server 2006 có khả năng cho phép khách hàng liên kết các hệ thống thương mại điện tử (e-commerce) với những ứng dụng doanh nghiệp hiện có và giao dịch với đối tác thông qua cơ chế tích hợp với phần mềm máy chủ Microsoft BizTalk Server 2006.
Commerce Server 2006 có khả năng hỗ trợ việc tích hợp với các hệ thống của SAP và Oracle. Ứng dụng máy chủ này còn có một site để giúp khách hàng xây dựng hệ thống thương mại dựa trên những dịch vụ web và kiến trúc hướng dịch vụ.
Các khả năng khác của Commerce Server 2006 còn bao gồm: duyệt hạng mục sản phẩm, tìm kiếm, giỏ hàng, quản lý hồ sơ...