Theo Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam, mùa khô năm 2013, dòng chảy trên sông Mekong thiếu hụt từ 30-45% lượng nước so với trung bình nhiều năm.
Hiện mực nước đầu nguồn sông Cửu Long thấp hơn trung bình nhiều năm từ 0,6-0,7m. Do đó, xâm nhập mặn sẽ xuất hiện sớm và xâm nhập sâu vào đất liền từ 40-50km, có nơi sâu hơn và độ mặn tăng cao hơn cùng kỳ năm 2012 cũng như trung bình nhiều năm qua.
Tại sông Cửa Tiểu, tháng Ba và tháng Tư là hai tháng mặn xâm nhập sâu nhất, nước mặn có độ mặn 10‰, xâm nhập 25km. Nước mặn có độ mặn 4‰ xâm nhập sâu hơn 40km. Nước mặn có độ mặn 1‰ xâm nhập sâu 50km. Dự báo năm 2013, mặn xâm nhập cao hơn năm 2012 và độ mặn tăng cao hơn mức trung bình nhiều năm.
Tại sông Cửa Đại, tháng Ba và tháng Tư, mặn xâm nhập sâu nhất. Nước mặn có độ mặn trên 10‰ xâm nhập sâu hơn 35km và đạt giá trị cao nhất là 14,1‰ vào tháng Tư. Nước mặn có độ mặn 4‰ xâm nhập sâu hơn 40km. Nước mặn có độ mặn 1‰ xâm nhập sâu hơn 50km. Xâm nhập mặn trên sông Cửa Đại trong mùa khô năm 2013 cao hơn năm 2012.
Đập ngăn mặn Cân Chông, huyện Tiểu Cần, Trà
Vinh đảm bảo việc ngăn mặn trên tuyến sông Hậu.
Sông Hàm Luông, tháng Ba đến tháng Tư nước mặn có độ mặn lớn hơn 10‰ xâm nhập sâu hơn 30km. Nước mặn có độ mặn 4‰ xâm nhập sâu 40km. Nước mặn có độ mặn 1‰ xâm nhập sâu trên 50km. Dự báo độ mặn trên trên sông Hàm Luông mùa khô năm 2013 cao hơn năm 2012.
Trên sông Cổ Chiên, nước mặn có độ mặn lớn hơn 10‰ xuất hiện trong tất cả các tháng và xâm nhập sâu trên 25km. Trong tháng Tư, nước mặn có độ mặn 4‰ xâm nhập sâu 40km. Nước mặn có độ mặn 1‰ xâm nhập sâu 50km. Mặn tháng Tư đạt giá trị cao nhất và xâm nhập sâu hơn các tháng khác. Dự báo nước mặn có độ mặn 4‰ trên sông Cổ Chiên trong mùa khô năm 2013 xâm nhập sâu hơn khoảng 5km.
Trên sông Cung Hầu, nước mặn có độ mặn trên 10‰ xâm nhập sâu hơn 25km; độ mặn 4 ‰ xâm nhập sâu hơn 35km; độ mặn 1‰ xâm nhập sâu 45km. Tháng Ba và Tư có độ mặn tăng lên cao nhất. Dự báo độ mặn trên sông Cung Hầu năm 2013 cao hơn so với cùng kỳ năm 2012 và cao hơn mức trung bình nhiều năm qua.
Trên sông Định An, nước mặn có độ mặn trên 10‰ xâm nhập sâu hơn 25km. Tháng Ba và tháng Tư, nước mặn có độ mặn 4‰ xâm nhập sâu 45km. Nước mặn có độ mặn 1‰ xâm nhập sâu 50km. Dự báo độ mặn trên sông Định An trong mùa khô cao hơn cùng kỳ năm 2012. Tháng Tư là tháng mặn xâm nhập sâu nhất và đạt giá trị cao nhất.
Trên sông Trần Đề, nước mặn có độ mặn trên 10‰ xâm nhập trên 30km. Nước mặn có độ mặn 4‰ xâm nhập sâu hơn 40km. Tháng Ba và tháng Tư, nước mặn có độ mặn 1‰ xâm nhập sâu 50km. Tháng Tư độ mặn tăng lên cao nhất. Dự báo độ mặn trên sông Trần Đề trong mùa khô năm 2013 cao hơn cùng kỳ năm 2012 và cao hơn trung bình nhiều năm qua.
Trên sông Cái Lớn, nước mặn có độ mặn 10‰ xâm nhập sâu 15km. Nước mặn có độ mặn 4‰ xâm nhập 25km. Nước mặn có độ mặn 1‰ xâm nhập sâu 40km. Tháng Tư độ mặn tăng lên cao nhất trong năm.
Sông Ông Đốc chạy dọc theo biển Tây, chịu tác động chính của triều biển Tây. Một số cửa thông ra phía biển Tây nhưng đến nay chưa có công trình ngăn mặn, toàn bộ tuyến sông Ông Đốc vẫn còn nhiễm mặn.
Do nước mặn xâm nhập sâu và độ mặn tăng cao hơn nhiều năm qua, Viện Khoa học Thủy lợi miền Nam khuyến cáo các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long chủ động ứng phó, bố trí mùa vụ cây trồng phù hợp, nhằm hạn chế đến mức thấp nhất thiệt hại do mặn xâm nhập gây ra.